Leggerò la guida... ma ho creato la cartella debian esattamente al livello di main.c e squeezelite.h, cioè la root dei sorgenti, comunque, non è un problema, clonati il repo, fai checkout sul branch Debian e modifica le cose come vuoi tu, così capisco...
EDIT:
Ovviamente devi usare la branch Debian (cioè fare check out di) per vedere come sarà nella versione finale, nelle altre branch non è visibile...
EDIT2: Quando per te è a posto, faccio la merge in release.