Devi mettere l'intero percorso (path) del file.
Quindi diventa:
copy /b c:\dove_sta_il_file\firmware.MX6_Cubox-i.img + c:\dove_sta_il_file\partition.img c:\dove_vuoi_mettere_il_file\complete_image.img
Riguardo "img", forse devi settare Explorer per poter vedere le desinenze, perché probabilmente ci sono. Io le userei nel comando che dai.