Ok, adesso la configurazione hw della tua mobo mi è chiara.
Che io sappia boot magic ti permette di selezionare da quale sis operativo partire a patto che i sistemi siano nello STESSO disco.Per partire da un altro hdd lo dovrai selezionare da bios (nel bios dela mia A7V8X la cosa è fattibile), quindi a questo punto puoi installare win98se su entrambi i dischi e poi scegliere in partenza da quale fare boot.