Wow, troppa grazia...
Non sono sicuro di aver capito bene i passi che hai fatto, comunque l'importante è che tu adesso abbia in custom-convert.conf qualcosa di simile:
flc pcm * *
# FT:{START=--skip=%t}U:{END=--until=%v}
[flac] -dcs --force-raw-format --endian=little --sign=signed $START$ $END$ -- $FILE$ | [sox] -D -q -b 32 - gain -1 rate -v -M -b 98 -a 352800
che non ci sia una riga flc pcm in convert.conf
e non ci sia nessuna riga flc flc ne in custom-convert.conf ne in convert.conf.
E' sempre bene impostare PRIMA le conversioni da web, poi copiare convert.conf in custom-convert.conf e quindi modificare quello non toccando più i parametri nella web gui ed il convert.conf.