Che possa esserci qualche piccola differenza (legata ad es. alla diversa quantità e "distribuzione" del rumore prodotto dalla lettura del file nei due casi) ci può anche stare, ma differenze così "eclatanti" come quelle che descrivi mi sembrano "esagerate" e piuttosto improbabili. Sicuro che non sia cambiato nient'altro da un ascolto all'altro?
P.S.: per caso l'HDD esterno USB era connesso allo stesso "Hub" dove è connesso anche il DAC?