mmmh. La musica dove la tieni?
Se è su un disco esterno (rimovibile), è possibile che sia cambiato il path per raggiungerla... e quindi il server non la trovava più. Da verificare, e casomai trovare il modo di far sì che il disco venga montato sempre nello stesso punto.
Il fatto che disinstallando C-3PO non riproduca più i flac probabilmente è perché non ha ripristinato i settings dei relativi formati (quanto meno flac e wav) in "file types". Puoi andare nei settings->Avanzate->File Types e riabilitarli... ma ti conviene reinstallare C-3PO.
Strani invece i problemi di riproduzione. Fa pensare che non abbia settato correttamente il sample-rate, o qualcosa del genere.
Squeezelite-R2 dove e come lo hai installato? (o usi Daphile?) Che DAC usi?