mmh... che sia la dimensione delle partizioni? Daphile se non erro fa 2 partizioni da 2GB. Potresti provare anche tu a fare solo due partizioni <= 2GB.
(è una ipotesi improbabile anche questa, ma una incompatibilità con le CF di una data marca, per giunta "a singhiozzo", con un kernel sì, con l'altro -quello di Daphile- no, mi pare ancora meno probabile).