No, sono indistinguibili per me, se per 3 intendi sul server, quindi quello che riceve e suona il player è comunque un wav (o pcm).
Ad onor del vero, però, a suo tempo feci la scelta di non rimanere in condizione 3, ma direttamente in 1 (cioè tengo i file per come vengono estratti da EAC in wav + flac), conscio di pagare in termini di spazio e flessibilià nel tagging. Nel 2005 non c'era squeezelite o il local player, dovevo usare foobar sul pc, quindi dovevo avere i files in WAV. Oggi potrebbe essere diverso.
Ormai, però, con più di 5000 cd, avendo scritto un'applicazione per generare i cue file a partire dai metadati in Muzicbrainz e Discogs, modificato LMS per gestire meglio i cue files ed altri ammennicoli, non ho nessuna voglia di cambiare solo per risparmiare qualcosa sullo spazio disco, in fin dei conti ho 3x 2TB sfruttati a meno del 50% + i backups, potrei usare dischi da 1 TB o risparmiarne 2, alla fine sono 200 Euro...
Ribadisco però che questa è una scelta 'di pigrizia' non legata a nessuna considerazione di qualità del suono, almeno usando LMS e squeezelite nel modo che sai.