No e non capisco nemmeno bene il problema:
In che senso 'si presenta'?
Nel filesystem che cosa hai (file Flac separati per traccia, un unico file per album + un cue sheet? in questo caso è un file esterno (.cue) o è embedded? Immagino tu non abbia 'fisicamente' i files .cur di cui parli, altrimenti non è 'colpa' di LMS, non può scrivere nelle cartelle di libreria.
Dove, in LMS, vedi comparire il file .cur? Lo scan dovrebbe ignorarli, quindi qualsiasi BROWSE basata sul DB non dovrebbe vederli, l'unico modo per vedere 'direttamente' il contenuto di una cartella è la Browse per "Cartella Musica" o "Disk and Folders", ma anche qui, salvo impostazioni diverse, dovrebbero esere ignorati.
Prova a postarmi il contenuto di una cartella da OS e come lo vedi in LMS con il .cur, grazie.