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1) L'agp aperture size è bene mantenerlo a 256 MB. In genere non influisce sullo stuttering in senso stretto, ma riduce i problemi che si hanno con le schede video non native agp.

2) La tensione della gpu della 3850 agp dovrebbe essere 1,214 volt, la quale è sufficiente e non influisce sullo stuttering (al massimo potrebbe influire sulla stabilità del sistema).

La causa del tuo problema penso che risieda al di fuori della scheda video. Giochi come GTA IV sono parecchio esosi in termini di ram di sistema, per cui non mi sorprenderebbe che la ram venisse occupata del tutto, anche avendo 3GB.