Hai centrato in pieno il problema a parte il SATA 1 che funziona!
Ho sostituito il Raptor con un Velociraptor e tutto sembra funzionare bene.
Mi erano rimaste due alternative:
1°-HD guasto
2°-Alimentatore difettoso visto che al primo riavvio poi l'HD funge, quindi ho pensato che non gli arrivasse subito l'alimentazione!
Spero di aver risolto e grazie a tutti per l'aiuto datomi!