Non mi viene in mente nulla
Se l'utility di backup che hai usato è quella di windoz , l'unico sistema che conosco per ripristinare il backup è quello che ti ho suggerito. Il fatto che i files dopo il "restore" rimangano uguali, mi da da pensare al fatto che il programma possa non essere quello giusto, che vi siano stati degli errori durante la copia. Oppure che il backup sia stato corrotto in qualche punto in un secondo momento.
Purtroppo non sono così esperto in materia... spero che qualcuno sia più informato.