Ok, ora è un pò più chiaro.
Quasi sicuramente riparte l'installazione da cd perchè non trova un altro supporto bootabile precedente nell'ordine di boot. Al riavvio dopo la copia dei files prova a togliere il cd-rom dal lettore. Se riesce a leggere le partizioni partirà dal disco fisso, altrimenti significa che si è introiato qualcosa nell'ordine delle partizoni, ma non chiedermi come hai fatto perchè non ne ho idea... O, più semplicemente, controlla la sequenza di boot nel bios, impostando come primo device il disco fisso.
Comunque io sono dell'idea di segare via tutte le partizioni e amen. A questo punto se riesce a copiare i files il disco lo vede, altrimenti non arriverebbe neppure fino lì. Le pialli via tutte e riparti da un sistema pulito pulito.