Win 98 ha un grosso difetto: quello di non sapere se una periferica plug&play è stata rimossa definitivamente dal sistema. Nel momento in cui tu cambi scheda madre, Win98 provvederà a rilevare di nuovo tutti i dispositivi p&p della scheda madre, le schede di espansione su slot pci e la scheda video su slot agp(se presente). Per cui, alla fine, avrai una configurazione solo apparentemente pulita, fermo restando che potrebbero verificarsi blocchi o blue screen of death nella fase di "transizione" dai vecchi drivers ai nuovi drivers.
Se provi ad avviare in modalità provvisoria, troverai (in gestione periferiche) tutta una serie di doppioni: i vecchi dispositivi ed i nuovi.... insomma un macello.
Per me, dovresti fare così:
1) Rimuovere tutti i vecchi drivers dal Pannello di Controllo->Installazione Applicazioni (se ci sono drivers che hanno la relativa voce qui).
2) Avviare in modalità provvisoria e, una volta aperto il pannello di Gestione Risorse, rimuovere tutto l'hardware rilevato.
3) Operare la sostituzione di CPU e MOBO.
4) Avviare il PC in modalità provvisoria, andare in Pannello di Controllo->Nuovo Hardware e far partire il rilevamento del nuovo hardware.
5) Riavviare in modalità normale, fare un nuovo rilevamento hardware
6) Verificare che non ci siano doppioni di dispositivi in Gestione Periferiche (quindi di nuovo in mod. provv.)
7) Installare i drivers della nuova scheda madre e poi i drivers della scheda video.

Comunque, a mio avviso, è sempre preferibile una bella formattazione ed una installazione ex novo del sistema, magari dopo aver creato sul disco due nuove partizioni:
1) Partizione Primaria - su cui effettuare la nuova installazione
2) Partizione Logica nella partizione estesa - su cui copiare i documenti e gli altri files necessari

In questo modo, avresti la seguente configurazione dell'HD:
1) Partizione Primaria Attiva (WIN98 vecchia config)
2) Partizione Primaria non attiva (su cui farai la nuova configurazione di Win98)
3) Partizione estesa - con partizione logica (su cui sposterai i documenti e quant'altro è necessario, tipo la posta o altra roba)
Per passare da una partizione primaria all'altra, puoi usare un programma quale PQBoot della PowerQuest.
Per creare le partizioni, puoi avvalerti di PowerQuest Partition Magic 4 o succ.

Se hai bisogno di altre spiegazioni, fammi uno squillo allo 03478113657
Bruno