Io uso win2k e win 98 sulla stessa partizione FAT32 e non ho mai avuto problemi di alcun tipo. Win2k ha impiegato addirittura 6-7 mesi per impallarsi la prima volta e io sono uno di quelli che installano e disinstallano selvaggiamente ogni tipo di utility e pach! Win98 invece mi si è impallato già dalla prima installazione a disco vuoto!
Ho un amico che usa anche lui sia 2k e 98 e credo che anche lui si trovi benissimo. Gli mando una mail e lo faccio postare. Non ho ancora potuto provare l' NTFS, purtroppo.