Chiaramente win2k è meglio. Ma per ottenere le massime prestazioni, dovete usarlo su NTFS. Oltre alla velocità NTFS permette la protezione a livello file, mentre fat solo a livello condivisione, oltre alle cose dette da lex. Poi ce ne sono molte altre che riguardano la versione Server come la possibilità di installare le Active Directory, legata alla replica dei file.

Insomma: PAZZO chi installa win2k su FAT
Io consiglio una piccola partizione di boot di 8MB in FAT per il boot. Poi una NTFS per 2k e UNA FAT per win98 se proprio lo volete.