è possibile, pena la perdita della garanzia (se presente) i pin dell'alimentazione sono presenti nella prima parte dello slot, comune a tutti (x1-x4-x8-x16).... il resto sono le linee di comunicazione. come puoi vedere dall'immagine alcune MB hanno sloto PCI-e x4 aperti che consentono di installare schede x16.
per cui si può benissimamente aprire uno slot x1 e inserire una scheda più lunga, che utilizzerà la sola linea pci-e diponibile.
qui trovi un'articolo sull'argomento:
PCI Express, Continued - Review Tom's Hardware : PCI Express Scaling Analysis
per quanto riguarda il calo prestazionale, trattandosi di sola fisica non noterai nulla.