La procedura di manutenzione del radiatore è sostanzialmente simile a quella eseguita per il waterblock a canaline. Vanno prese delle precauzioni però. La grande maggioranza dei radiatori per il watercooling sono costituiti da tubi a celle piatte. Tale struttura interna tende a trattenere liquido all'interno, per cui prestate molta attenzione alla fase di risciacquo e svuotamento del radiatore dopo l'utilizzo dell'anti calcare.
Fate circolare l'acqua per il risciacquo in un verso e nell'altro per diverse volte, finché non la vedete perfettamente limpida. Poi procedete allo svuotamento, avendo cura di scuoterlo per bene perché, per il motivo che ho menzionato sopra, ci sarà ancora parecchia acqua dentro. Personalmente, dopo aver scosso per bene il tutto adottiamo un semplice ed efficace metodo per l'asciugatura completa. Utilizziamo un compressore che, una volta posto in uno dei due raccordi in modo da tapparlo completamente, viene acceso. Inclinando il radiatore nel modo giusto, uscirà tutta quell'acqua che prima non era riuscita ad uscire. Anche qui, come il risciacquo, conviene ripetere l'operazione nei due sensi.