verosimilmente nel sistema sono installate delle versioni di libav* diverse da quelle (e dalle quali dipendono altri pacchetti già installati) che vanno in conflitto con la versione che serve ad ffmpeg.
In buona sostanza, devi selezionare a mano cosa mettere e cosa togliere.
Dai il comando:
poi disinstalla tutte le libav* già presenti, quindi (re)installa ffmpeg...codice:dpkg -l | grep -i libav
Ti conviene usare "aptitude" o, se hai messo l'interfaccia grafica, "synaptic"...
BTW: provare ad aggiungere il repo dei backports (eventualmente insieme a deb-multimedia) non fa male... ma dubito che di per sé risolva.